분석 프로그램 검색

Study : 1711075641

연구과제 정보

accession,
2014M3C9A3068822
1711075641
유전체 정보 개방형 분석 서비스 환경 구축 - 메타게놈 데이터
과학기술정보통신부
연세대학교
김지현
2018
2018-07-01     ~      2019-03-31
이승원
ceo.swlee@seqgenesis.com
01095270733

등록 프로그램 / 파이프라인 / 웹 서비스 정보

accession,

1. 분석 파이프라인   2. 대용량 유전체 분석

한글명칭 메타게놈데이터의 대사분석 파이프라인
영문명칭 MTanno
프로그램 1902-2.MTanno.zip
매뉴얼 매뉴얼 다운로드
모식도 프로그램 전체 모식도 없음
웹 서비스 주소
주요 내용 특징 메타게놈 데이터의 Functional mapping을 효율적으로 하기위하여 검색정보DB를 고도화 하고 homology기반 검색 시 매핑시간 단축을 위한 성능개선 적용됨 Pathway, gene enrichment분석의 정확도를 높이기 위해 여러가지 알고리즘을 비교하여 선택사용할 수 있게 하였고, 결과파일을 활용하여 시각화 할 수 있도록 제공함
주요 기능 레퍼런스DB구축시 성능개선을 위하여 데이터 사전 가공, 사용자의 선택에 따라 세 가지 검색엔진을 사용할 수 있음 디폴트로는 BLAST보다 속도면에서 우수한 DIAMOND로 실행됨 Gene abundance 계산 후 메트릭스 생성, 샘플 그룹간 비교는 Kruskal-Wallis, Quasi-Poisson, metagenomeSeq을 활용, 샘플 그룹들 간의 양적 차이가 있는 유전자들의 정보를 Fisher's exact test를 하여 분석
사용방법 메타게놈 데이터의 fastq파일을 입력하여 자동실행하면 레퍼런스 DB의 단백질서열과 매핑 후 Functional annotation을 진행하고 그룹별 유전자 발현차이를 분석함. 분석결과로 나온 텍스트 파일의 정보를 KEGG mapping tool에 입력하면 pathway map을 얻을 수 있고 각종 plot을 그릴 수 있음
Mac OS,UNIX,LINUX
PERL
perl, R, Statistics::R, Diamond