분석 프로그램 검색

Study : 1711075641

연구과제 정보

accession,
2014M3C9A3068822
1711075641
유전체 정보 개방형 분석 서비스 환경 구축 - 메타게놈 데이터
과학기술정보통신부
연세대학교
김지현
2018
2018-07-01     ~      2019-03-31
이승원
ceo.swlee@seqgenesis.com
01095270733

등록 프로그램 / 파이프라인 / 웹 서비스 정보

accession,

1. 분석 프로그램   2. 대용량 유전체 분석

한글명칭 오토큐씨
영문명칭 AutoQC
프로그램 autoqc.zip
매뉴얼 매뉴얼 다운로드
모식도 프로그램 전체 모식도 없음
웹 서비스 주소
주요 내용 특징 프로그램 개발 배경: Quality control을 할 때 기준값에 따라 얻어지는 결과가 매우 다르나 초보자들이 알맞은 기준값을 설정하여 최적의 결과를 얻기는 어려움. 메타유전체 연구는 상대적으로 DNA를 뽑기 쉬운 생물 조직뿐만 아니라 환경 샘플의 DNA 추출을 방해하는 화학물질이 들어있는 경우도 많아서 시퀀싱 품질의 차이가 많이 날 수 있음. 시퀀싱 플랫폼에 따라 얻어지는 결과의 품질과 성격이 많이 다른데, 보통 플랫폼의 구별 없이 HiSeq처럼 많이 사용되는 플랫폼을 대상으로 한 quality control 프로그램만이 사용되고 있음. 프로그램 목표: 시퀀싱 파일의 품질에 따라 최적의 기준값을 자동으로 정하여 60% 이상의 reads를 보존하며, 초보자들도 최고의 품질을 가진 reads만을 얻을 수 있게 함.
주요 기능 시퀀싱 파일의 품질에 따라 최적의 기준값을 자동으로 정하여 60% 이상의 reads를 보존하며, 초보자들도 최고의 품질을 가진 reads만을 얻을 수 있게 함
사용방법 Autoqc. Shell script
=> Autoqc parameter입력 양식을 다른 대부분의 프로그램과 같이 -m, -f, -s, -t와 같이 나타날 수 있게 해주며 autoqc 프로그램 위치를 지정해주는 라인이 있다.
□ Basic command Options
$sh 01_autoqc.sh -m {mode} -f {input file1} -s {input file2} -t {input file3}

Mode 1. File transform from fq to fa
=> fq 파일로부터 fa파일을 생성.

□ Command Options
$sh 01_autoqc.sh -m fq2fa -f {input file1}
Ex) $sh 01_autoqc.sh -m fq2fa -f hs1.fq

Mode 2. File transform from fa to fq
=> fa와 qual파일을 fq형식으로 전환.

□ Command Options
$sh 01_autoqc.sh -m fa2fq -f {input file1} -s {input file2}
Ex) $sh 01_autoqc.sh -m fa2fq -f flx.fa -s flx.qual

Mode 3. Quality control from FLX
=> FLX platform에 최적화된 quality control 모드.

□ Command Options
$sh 01_autoqc.sh -m autoflx -f {input file1} -s {input file2} -t {input file3}
Ex) $sh 01_autoqc.sh -m autoflx -f flx.fa -s flx.qual -t flx.flow

Mode 4. Quality control from Ion Torrent
=> Ion Torrent platform에 최적화된 quality control 모드.

□ Command Options
$sh 01_autoqc.sh -m autoit -f {input file1} -s {input
LINUX
PERL